Maltos arba Suverenus karinis hospitaljerų šv. Jono ordinas įkurtas Jeruzalėje 1099 metais.

Iš pradžių tai buvo vienuoliška bendrija, pavadinta šv. Jono Krikštytojo vardu, kuri tvarkė ligoninę, skirtą į Šventąją Žemę atvykstantiems piligrimams. Bendruomenė palaikė glaudžius ryšius su benediktinų vienuoliais, o 1120 metais, valdant tėvui Gerhardui, tapo nepriklausoma organizacija.

1113 metais popiežius Paskalis II patvirtino šv. Jono ligoninės ypatingąjį statusą, paėmė ją šv. Sosto globon ir suteikė teisę rinkti savo vadovus be jokio dvasinio ar kito autoriteto įsikišimo.

Keičiantis politinei situacijai Artimuosiuose Rytuose ir įsikūrus ten krikščioniškiems riterių ordinams, Šv. Jono ligoninės ordinas, vadovaujamas savo antrojo vadovo Raymondo du Puy (jam pirmajam suteiktas Didžiojo Magistro titulas), turėjo prisiimti kai kurias karines funkcijas, kad galėtų apginti ligonius piligrimus bei atkovotas iš musulmonų krikščioniškas teritorijas. Taigi, Šv. Jono ligoninės ordinas įgavo riterių ordino pobūdį. Riteriai buvo įpareigojami laikytis vienuoliškų Tarnavimo, Skaistybės ir Neturto įžadų. Taip jie tapo ir kariais, ir vienuoliais.

Didysis Magistras Raymondas du Puy įvedė pirmąjį Ordino statutą ir baltą aštuoniakampį kryžių, iki šių dienų likusį Ordino emblemoje (vėliau jis buvo pavadintas Maltiečių kryžiumi).

Dideliu mastu vykdydamas savo pirmąjį devize įrašytą tikslą - tarnavimą vargšams (obsequium pauperum), Ordinas kartu vykdė ir kitą tikslą - tikėjimo gynimą (tuito fidei).Tačiau, nepajėgdamas atsispirti žymiai gausesnėms musulmonų pajėgoms, 1291 metais krito Akros miestas - paskutinė krikščionių tvirtovė Šventojoje Žemėje, ir Ordinas buvo priverstas laikinai įsikurti Kipre.

Nuo pat egzistavimo pradžios Ordinas siekė įtvirtinti savo nepriklausomybę nuo kitų valstybių. Tuo tikslu laikė kariuomenę. 1310 metais, kai Didžiuoju Magistru buvo Foulques de Villaretas, užėmus Rodo salą, Ordinas įgavo teritorinį suverenumą, o riteriai buvo vadinami Rodo salos riteriais. Rodas tapo tvirtu krikščionių bastionu Viduržemio jūroje ir ne kartą kariavo su musulmonų kariuomene bei laivynu.

Krikščionių teritorijoms ginti Ordinui reikėjo stipraus laivyno. Palaipsniui jis buvo sukurtas ir ne tik patruliavo Viduržemio vandenyse, bet ir dalyvavo daugelyje garsių jūros mūšių.

Ordiną valdė Didysis Magistras ir Taryba, riteriai atrėmė daugybę turkų atakų. Ordinas turėjo savo pinigus ir palaikė diplomatinius santykius su kitomis šalimis. Didysis Magistras buvo Rodo, o vėliau - Maltos princas.

1522 metų rudenį Rodo salą užpuolė sultonas Suleimonas Nuostabusis. Jo didžiulei kariuomenei riteriai nepajėgė pasipriešinti ir Kalėdų naktį buvo priversti kapituliuoti. 1523-ųjų sausio 1 dieną palikęs salą Ordinas septynerius metus neturėjo savo nuolatinės teritorijos, tačiau suverenumo neprarado. Tai tęsėsi tol, kol imperatorius Čarlzas V, būdamas Sicilijos karaliumi, sujungė Maltos, Gozo ir Comino salas bei Tripolio salą Šiaurės Afrikoje į suverenų junginį.

1530 metų spalio 26 dieną Didysis Magistras Philipe de Villiers de I'Isle-Adem su popiežiaus Klemenso VII sutikimu paėmė valdą Maltoje. Ordinui buvo keliama vienintelė sąlyga - kad jis liktų neutralus galimoje kovoje tarp krikščioniškų valstybių.

1607 ir 1620 metais Didžiojo Magistro titulas buvo sujungtas su Šventosios Romos imperijos Princo titulu ir 1630 metais prilygintas kardinolo rangui.

1798 metais prancūzų imperatorius Napoleonas Bonapartas okupavo Maltą ir išvarė Ordiną. Riteriai vėl liko be namų.

Kitas Ordino istorijos etapas vėliau pelnė „rusiškojo coup d'état" (valstybės perversmo) vardą (1798-1803). Rusijos imperatorius Pavlas I, norėjęs pasirodyti Ordino draugu, saujelei riterių Rusijoje pasiskelbė Didžiuoju Magistru vietoj Ferdinando von Hompescho, kuris buvo priverstas palikti Maltos salą prancūzams. Šis vedusio nekataliko noras tapti katalikų religinio Ordino vadovu buvo visiškai neteisėtas, todėl niekada jo nepripažino Šventasis Sostas. Vis tik Pavlą I, kuris buvo Didžiuoju Magistru tik de facto, bet niekada - de jure, parėmė nemažai riterių ir valstybių. Pavlo I įpėdinis šiame poste - Aleksandras I padėjo Ordinui grįžti į teisėtą valdymą: 1803 metais Didžiuoju Magistru išrinktas Giovanni Battista Tommasi.

1801 metais Maltos salą okupavo britai. 1802 metais Amjeno sutartimi buvo pripažintos Ordino suverenios teisės į šią salą, tačiau ši sutartis niekada nebuvo įvykdyta.

1834 metais Ordinas įsikūrė Romoje, kur iki šiol eksteritorialiai valdo Maltos ordino rūmus - Via Condotti 68 ir Villa Aventine.

Nuo 1805 metų Ordinas buvo valdomas leitenantų, kol 1879 metais popiežius Leonas XIII atkūrė Didžiojo Magistro postą ir jį prilygino kardinolo rangui. Hospitaljerų darbas, tikrasis Ordino darbas, palaipsniui vėl tapo pagrindiniu rūpesčiu. Pagalba skurstantiems ir ligotiems žmonėms ypač išaugo 1-ojo Pasaulinio karo laikotarpiu ir buvo toliau plečiama 2-ojo Pasaulinio karo metais.

Šiuo metu Ordino vadovas yra 79-asis Princas ir Didysis Magistras Fra' Matthew Festing, išrinktas 2008 metais iki gyvenimo pabaigos.

Maltos ordinas yra vienintelis Katalikų Bažnyčios ir kartu - riterių ordinas. Didysis Magistras ir Suvereniosios tarybos didžioji dauguma yra renkami ir vykdo savo pareigas griežtos subordinacijos principu. Maltos ordinas tarptautinės bendrijos visuomet buvo pripažįstamas kaip nepriklausomas nuo bet kokios civilinės valdžios. Visi šie faktai liudija unikalų Maltos ordino identitetą, į kokio šiuo metu pasaulyje neturi jokia kita organizacija.

Maltos ordino Didysis Magistras turi kardinolo laipsnį, yra gerbiamas kaip kardinolas ir kaip princas, vadinamas Jo Aukščiausioji Eminencija, tarptautiniu mastu pripažįstamas kaip šalies valdovas ir turi visus atitinkamus atributus. Pilnas Didžiojo Magistro titulas lotyniškai yra: Dei gratia Sacre Domus Hospitalis Sancti Johannis Hierosolymitani et militaris Ordinus Sancto Sepulchri Dominici magister humilis pauperumque Jezu Christu custos.

Ordino gyvenimas ir veikla yra reguliuojami Šventojo Sosto patvirtinta Konstitucine chartija ir Kodeksu.

Laikydamasis tarptautinės teisės normų Maltos ordinas palaiko diplomatinius santykius su Šventuoju Sostu ir dar 100 šalių.

Ši pasaulinė organizacija, nepamiršdama savo uždavinio ginti krikščionybę, teikia didelę pagalbą skurstantiems bei ligoniams, nepaisydama jų rasinės ir religinės priklausomybės. Šiuo metu pasaulyje humanitarinę pagalbą teikia ir labdaringą darbą vykdo 80 000 savanorių ir 15 000 medicinos darbuotojų 120 šalių.