Lietuvoje Maltos ordino pagalbos tarnybos pradžią galima sieti su Vokietijos Maltos ordino pagalbos tarnybos atstovų vizitais, siekiant išsiaiškinti, kuo jie galėtų padėti Lietuvai. Tokie vizitai prasidėjo 1990 metais. Buvo susitikta su Lietuvos Sveikatos apsaugos ministerijos atstovais, ligoninių vyr. gydytojais. Svarbus įvykis buvo Vokietijos Maltos ordino pagalbos tarnybos generalinio sekretoriaus barono Johaness Heereman vizitas į Lietuvą 1990 metų vasarą.

Tuo metu ir radosi iniciatyvinė grupė, vadovaujama vyskupo Juozo Tunaičio. Jie nusprendė įkurti Lietuvoje labdaros organizaciją – Maltos ordino pagalbos tarnybą (MOPT). Vyskupas tapo pirmuoju MOPT prezidentu. Generaliniu sekretoriumi paskirtas kunigas Aušvydas Belickas.

Oficialiai MOPT įsteigta 1991 metų spalio 1 d.

Pirminis Maltos ordino pagalbos tarnybos tikslas buvo organizuoti socialinius labdaros projektus, siekiant padėti labiausiai vargstantiems. Taip gimė socialinių valgyklų ir „Maistas ant ratų“ programa.
Kita darbų sritis – su Vokietijos Maltos ordino tarnybos pagalba padėti Lietuvos ligoninėms įranga ir med. reikmenimis.

Nuo 1993 metų MOPT generaliniu sekretoriumi dirba Arvydas Bružas.
Maltos ordino pagalbos tarnyba Lietuvoje vykdo keletą socialinės veiklos projektų. Pagrindinės kryptys yra pagyvenusių žmonių priežiūros ir Vaikų socialiniai dienos centrai.

• Projektas „Maistas ant ratų” – karšto maisto išvežiojimas į namus labiausiai vargstantiems pagyvenusiems žmonėms. Šiuo metu vykdomas 11-oje šalies miestų, paramos sulaukia beveik 300 vienišų, pasiligojusių senelių.
• Socialinių valgyklų vargstantiesiems organizavimas. 
• Socialiniai vaikų dienos centrai. 4-iuose miestuose kasdien juos lanko 120 vaikų iš socialiai remtinų, daugiavaikių šeimų.
• Vienišų, socialiai remtinų pagyvenusių žmonių globa. Savanorės slaugės ir jaunieji maltiečiai prižiūri 140 nepasiturinčių senukų, padeda jiems buityje ir slaugos priemonėmis.
• Neįgaliųjų paramos projektai. Slaugos priemonėmis, maisto papildais remiami neįgalūs seneliai ir vaikai.
• Pirmosios pagalbos ir slaugos kursų rengimas.
• Piligriminių kelionių organizavimas. Kartą metuose neįgalūs žmonės su juos lydinčiais asmenimis vyksta į šventąją vietą Lurdą Prancūzijoje.
• Jaunimo įtraukimas į socialinę veiklą. 24 Lietuvos miestuose ir miesteliuose aktyviai veikia jaunųjų maltiečių grupės.

Šiuo metu Lietuvoje yra apie 700 maltiečių – slaugių savanorių ir jaunųjų maltiečių. Jų grupės susibūrusios 24 miestuose ir miesteliuose.